O Ministério da Justiça identificou falhas na oferta de ônibus para eleitores em oito estados no segundo turno: Bahia, São Paulo, Piauí, Sergipe, Pará, Alagoas, Rio de Janeiro e Paraíba. O levantamento, do setor de inteligência da pasta, reúne dados do Ministério Público Eleitoral, de agências reguladoras estaduais e de gestores do transporte. 
O caso mais grave foi em Salvador, onde a frota circulou com menos da metade do previsto. O Tribunal Regional Eleitoral da Bahia mandou prender o secretário de Mobilidade da cidade, Pablo Souza. A prefeitura informou que ele está em Paris, em missão oficial, e volta nesta segunda para prestar esclarecimentos. A coligação Brasil Pronto Pra Mais, do presidente Lula, também pediu a prisão do prefeito de Salvador, Bruno Reis, mas o pedido ainda não tinha sido analisado.
Em Sergipe, a Polícia Federal abriu inquérito para investigar quem atrapalhou o voto e reteve ônibus nas garagens. Em São Paulo, Alagoas, Piauí e Bahia, os fatos ainda estão em apuração, com depoimentos de pessoas diretamente envolvidas no fornecimento do transporte público. No Rio, a Secretaria de Segurança disse não ter registrado ocorrências ligadas à falta de ônibus
Diante dos problemas, o ministro Cristiano Zanin, do Supremo Tribunal Federal, prorrogou até as 7 horas da noite o horário de votação em todo o país. A decisão atendeu ao pedido da coligação do presidente Lula, motivado por falhas na oferta de transporte público. Separadamente, a campanha de Flávio Bolsonaro também havia solicitado a extensão do horário em municípios de São Paulo, Paraná e Santa Catarina, alegando dificuldades de deslocamento provocadas pelas chuvas.
O secretário nacional de Políticas Penais, André Garcia, que representou o ministro da Justiça na coletiva, lembrou que a Pasta determinou a circulação das frotas e ampliou o horário de votação.
“Agora, cabe a nós, aqui, que trabalhamos na segurança pública, investigar, apurar as responsabilidades e encaminhar para o Poder Judiciário aqueles que, eventualmente, contribuíram pra que esses ônibus não circulassem e prejudicassem o direito do cidadão de votar”.
No balanço atualizado, o Ministério da Justiça informou que foram registradas 669 ocorrências, incluindo 258 casos de violação do sigilo do voto, 86 de boca de urna e 75 de propaganda eleitoral irregular. O balanço também contabilizou 57 prisões em flagrante e 160 pessoas conduzidas às autoridades.
A Polícia Rodoviária Federal registrou 27 interdições em rodovias, todas com opções de rotas alternativas. Mais de 320 mil profissionais de segurança atuaram nas eleições de 2026.
