Discordou apenas em um ponto: o procurador-geral da República opinou que não havia elementos suficientes para afastar Ramagem de seu mandato de deputado federal, posicionamento seguido pelo ministro Alexandre de Moraes na decisão que autorizou a operação.
Em um outro caso recente, Gonet opinou que uma ação contra o ex-deputado Roberto Jefferson tinha conexão com os fatos do 8 de janeiro e deveria tramitar perante o STF, concordando com a posição apresentada por Moraes. Em manifestações na gestão de Aras, a PGR pediu diversas vezes para que o caso fosse remetido à primeira instância, sob argumento de que Jefferson não tinha foro privilegiado.
A gestão de Aras foi marcada por embates constantes com o ministro Alexandre de Moraes na condução desses casos. Indicado à PGR com o apoio de Moraes e do ministro Gilmar Mendes, Gonet tem dito a interlocutores que há uma relação de confiança do STF em seu trabalho e que isso deve devolver ao Ministério Público a prerrogativa de conduzir essas investigações, como titular da ação penal, o que era ignorado por Moraes durante a gestão de Aras.
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